结合一些文献史料的记载和出土的壁画文物大体可以得知：由于图坦卡蒙登基时年纪非常小，只能同老臣阿伊共掌大权。他在18岁时突然死去。接下来，老臣阿伊继承了王位。对图坦卡蒙的死，历史上没有任何记录。
虽然考古学家在对他的木乃伊进行的检验时，发现他的头上有一处受伤的痕迹，但在他死以前已经部分治愈，可能是意外受伤，但也不排除被暗杀的可能，因为根据X光照片显示，他头颅后的下方有一个暗点，表示他的后脑可能有被重击的慢性创伤。而他的继任者力图抹去历史对他的记载，所以在他坟墓被发掘以前，历史很少有对他的记载。
谋杀说
自从83年前图坦卡蒙的陵墓被发现以来，关于这位少年埃及法老的死因，考古学界就一直有种种猜测，研究人员认为他可能是因为争夺继承权问题而被随后继承他的同胞阿伊杀害。由于60年代对图坦卡蒙进行医学检查和X光检测的结果表明其头骨有一处骨折，所以阿伊一直被怀疑是谋杀者。但是，上周对图坦卡蒙木乃伊的进一步更详细的检测发现，最初的怀疑是错误的，阿伊并非凶手。
疾病说
最新研究表示：木乃伊脑后的洞是在木乃伊制作过程中产生的。扫描结果显示，图坦卡蒙生前疾病缠身，脊柱严重弯曲，右脚趾趾骨严重畸形并处于处于恶化的状态，一条腿骨折；DNA检测结果显示，图坦卡蒙生前得过疟疾并患有多种遗传性疾病。综合种种，考古学家认为：图坦卡蒙是由足伤感染引发恶性疟疾而死的可能性较大。
骨骼畸形及骨折
根据研究，法老脊柱及趾骨的严重畸形会严重限制他的行动，这对于死前一年开始在外征战的法老来说，是一个触及要害的隐患。而对于法老在战场受伤造成的腿部骨折，行动不便很可能是促成这一结果的重要原因之一。
开罗大学放射学专家阿什拉夫·萨利姆，在芝加哥举行的美国放射学会年会上，公布了对图坦卡蒙木乃伊进行放射学检查的结果。报告说，检查证实木乃伊大腿部位有一处骨折，可能是图坦卡蒙在去世前不久受伤的痕迹。
图坦卡蒙是古埃及历史上一位引人注目的法老。他8岁登上王位，公元前1352年去世，死时只有19岁左右。英国考古学家霍华德·卡特1922年在埃及历史名城卢克索附近的帝王谷发现了图坦卡蒙陵墓。
墓中随葬品十分丰富，包括著名的金面罩，但陵墓空间却相对狭小。考古学家推断，图坦卡蒙可能突然死亡，仓促下葬，将就“挪用”了别人的陵寝。
英国利物浦大学专家1968年对图坦卡蒙木乃伊进行X射线扫描，在死者颅腔中发现了碎骨。这一发现为图坦卡蒙的死因又添迷雾，研究人员怀疑图坦卡蒙头部遭到猛击，遇害身亡。
这种猜测与图坦卡蒙时代政局不稳的历史背景相符。一些人猜测，图坦卡蒙逐渐长大，谋求更多自主权，与其宰相发生冲突，遇害早亡。还有一种猜测是：一位曾指责图坦卡蒙言语不敬的高级神职人员可能有谋杀嫌疑。
疟疾
最新研究表明，法老所患疟疾为脑型疟疾，是所有疟疾类型中最为严重的一种，疟原虫有可能会攻击人的大脑，造成患者神志不清甚至产生抽搐。患有脑型疟疾的病人，其病期可能长达数年。而在法老的随葬物品中，也发现了在当时用于治疗疟疾的药物。虽不能断定疟疾是造成长老死亡的直接原因，但可以肯定，在法老去世时，他仍然在忍受着疟疾带来的痛苦与煎熬。
脑颅没创伤
萨利姆的研究团队此次扫描图坦卡蒙木乃伊，使用了计算机X射线断层造影术（CT），远比英国研究人员1968年使用的技术复杂。通过这次检查，研究人员取得大约1900张不同角度的断面造像，相当于对木乃伊进行三维“透视”。
萨利姆27日公布的报告说：“没有证据表明他在去世前脑颅或受过剧烈创伤，但大腿骨可能有一处骨折，也许是这导致了他的死亡。”
萨利姆说，大腿骨折可能同时导致创伤外露，引发感染，最终导致法老死亡。专家猜测图坦卡蒙在打猎时意外受伤。
萨利姆还发现，图坦卡蒙的木乃伊“眼下保存状况相当危险，遗体已经分成了几部分，其中一些部件不见了”。
造成图坦卡蒙遗体受损的原因可能有几种，既可能是在制造木乃伊过程中受损，也可能是考古人员1922年发掘陵墓、将木乃伊从墓中移出的过程中搬运不慎，造成损坏。萨利姆倾向于后一种可能性。
萨利姆也在图坦卡蒙木乃伊颅腔中发现了碎骨。他解释说，这块碎骨与死者颈椎部位缺失的第一块椎骨吻合，“我们认为，在卡特团队移除金面罩的过程中，法老脊椎的第一块椎骨被弄折，位置移动。金面罩与死者遗体黏结相当牢固”。
就公元21世纪发达科技技术，先进的X光技术应用，由五名世界上最顶尖的法医官（包括联邦法庭现任法医官）经全面检查图坦卡蒙的木乃伊后，法医官们证实：由于身体发育的情况，年轻人在头部发育并不完善，所以年轻人的头骨都有一条裂缝，这是年轻人的特别的生理特征。所以排除头部受伤致死的的猜疑，由于腿部的受伤而致死的可能性更大。
而根据历史记载的文献表明：那时图坦卡蒙亲自带队穿过尼罗河与敌人对战，这场战争虽然胜利了，但是在对战的过程中，图坦卡蒙被敌人用斧头对着膝盖下方砍了一刀，虽然这一刀在现代医术上只是简单地缝上几针就会痊愈，但在几千年前的古埃及，那就是致命的伤，法老回到了皇宫，就慢慢地等到血都流干，然后伤口坏死长出坏疽，就这样年轻的法老死去了。
车祸说
举世闻名的少年法老的神秘死因日前（2013年11月5日）被揭秘，并揭示了他其实可以称得上是“飙车族”的鼻祖。
这位古老的埃及人是所有法老中最出名的，他死于一场二轮车赛车祸——这也解释了为何他的木乃伊是残缺的原因。
埃及探索协会主任克里斯·农顿(Chris Naunton)博士进行了一个“虚拟的尸检”，他发现法老的受伤部位全在身体的一侧。
随后聘请的车祸研究者们做出了潜在车辆碰撞的电脑模拟，结果显示二轮战车碾压到了他的身上弄断了他的肋骨、骨盆，压碎了他的心脏，而当时他正跪在地上。
这就解释了为何在所有发现的法老中，图坦卡蒙是唯一的没有心脏的法老——很显然车祸使它破碎无法修复。
